天都科联拥有顶尖的科技精英，人数有一百多人，每年召开一次科联大会。科联最重要的内设机构是理事会。理事会采用定额制，会员额定32人，皇后是理事会首脑，会员编号为1号，２号会员为国师，两人为终身会员，３号至２７号会员为２５家科技公司代表，２８号至３２号会员空缺，预留给未来的能与国师相媲美的天才科学家。所以，科联理事会实际只有27名会员。除了27个会员，科联理事会还常设一个办公室，下辖若干科室。根据皇后的设想，科联只是天都市的顾问机构，其职责主要是团结领导天都市的科研力量，对天都市的大政方针予以指导。天都市的具体事务，由shi长和市民会议共同负责。事实上，科联早已凌驾在shi长和市民会议之上，不仅制订科学发展战略，也躲在背后管理市民事务。
（天都科联组织框架）
天都市设shi长一人，下辖shi长办公室，主要负责公开性、礼仪式事务。shi长通常由黄山原住民担任，以示对原住民的尊重。与此相对应，各行政区设区长一人，下辖区长办公室。各社区设社区主任一人，秘书两人。shi长、区长、社区主任是同级市民会议的荣誉首脑，不负具体责任。市民会议则充分体现了市民自治。按照设计，天都市设有三级市民会议，即全市市民会议-区市民会议-社区市民会议。各级市民会议每周召开一次，集中讨论决定辖区大项事务，市民代表每四年普选一次。各级市民会议下辖一个市民服务中心，全面行使行政权。天都市不设法院、检察院、警察局等政法机关，由市民会议行使相关职能。因为科学家们认为，天都市民主要由高素质的科技工作者组成，人人自觉，人人守法，并无成立政法机关的必要。即便偶有纠纷，各级市民会议也能圆满化解矛盾。
（天都市组织框架）
科学家们精于演算，却没有充分认清事物的复杂性。就拿人口来说，按照皇后的设想，天都市民贵精不贵多，30万人将是城市承载的极限。他甚至做了精确的计算，给予25个科技公司每家1万人的口指标，并慷慨地批准了5万人的冗量。没想到，天都科联刚开始与中央政府谈判时，当地的黄山土著便强烈要求加入天都市。民意汹涌，中央推波助澜，黄山土著的亲属也纷纷前来落户，最后科学家们不得不接收的黄山土著就达30万之巨。黄山土著多是世代居住于此的原住民，思想觉悟可能有待提高。然而，出乎皇后预料的是，科技公司也不遑多让。25家科技巨头，从高管到普通员工，每个人都削尖了脑袋要进入天都市，要夹带自己的亲属、朋友成为天都市民。在未来科技之城的光环照耀下，天都市散发着天堂般的魅力。人们如飞蛾扑火般涌过去，人心如此，任何威胁、法律已无济于事。最后，为避免夜长梦多，天都科联不得不做出重大让步，果断和中央政府达成协议。签字次日，一道隔离墙将天都市与外界永远地分隔开来。此时，隔离墙内的人-这些未来的天都市民已有100万之多。其中，黄山土著及其关联亲属约有30万人，25家科技公司员工约有25万人，还有45万人为科技公司员工的近亲属。
为管理这100万人口，皇后指导天都科联设计了三项最重要的管理制度，即隔离墙、通行证和市民等级递进制度。隔离墙最为简单粗暴，也最为必要，是保证天都市封闭独立的关键设施。它耗资不菲，使用了多项最新科技，不仅使任何生物无法从空中飞越或从地下钻入，而且完美隔绝各种信息信号。这项防御工程是如此的成功，以至于数十年来并无一人能够突破这道隔离墙。在极客界，这是一道挑战性极高，并且至今无解的难题。
通行证制度，主要是为了满足天都市最低限度的对外交流需要。毕竟，完全的封闭是不现实的。科联参照了国际上的签证制度，对每名进出天都市的人员实行通行证制度。除了皇后和国师各自持有一张自由通行证，可以随时随地不受限制地进出天都市，其他人进出天都市都必须持有通行证。通行证有三类：公务通行证、探亲通行证和文化交流通行证。这三类通行证由科联理事会轮值执事签发，随用随签，用完作废，有着严格的使用规定和时效。轮值执事由科联3至27号会员轮流担任，其实也就是25家科技公司的代表，每次轮值一个星期。每名轮值执事在签发通行证时，必须严格遵守通行证制度，个人裁量权不大，且需承担一定的风险责任，所以轮值执事在签发通行证时并不积极。最初的时候，天都市还短暂的实行过人才落户制度，欢迎天才的科学家们前来落户。但后来，人才落户的门槛越来越高，近几年几乎年年都是零落户。这项制度已经名存实亡，但它依然没被废除。也许皇后依然欢迎国师这样的天才科学家，但这样的科学家只是百年一遇的稀世珍品。
在天都市建市之初，市民来源庞杂，素质参差不齐，既有文化水平低劣的黄山山民，也有科技公司的精英。为了更好地管理市民，也为了激发广大市民的积极性，科联为全体市民设计了一套等级递进制度。每名天都市民都被统一编号，每名市民都被置于这套精巧的制度
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