此时世界上的人类基本上已经都去了地下，当然除了胜利队。太平洋的海底突然隆起的一个神秘的超古代遗迹，从那里出现的邪恶魔鸟怪兽佐加支配了整个天空，虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了，但是………更加可怕的黑暗，降临了。
大古打开PDI居间惠道：马上回基地，佐加侵袭日本了。
丽娜震惊道：怎么可能啊它不是刚死吗，蓝色闪电一次次打到海中，海上涌起浓雾，丽娜和大古驾驶白雪号回去丽娜问道：你觉得我们能赢吗？
大古没有回答。
丽娜道：如果，我们的命运注定最终要灭亡的话。
大古道：这是什么命运，我们一定要改变它，丽娜点头赞同了大古的话，在汹涌的海面上，有什么东西缓缓升起。
海底海豚号里的新城和崛井也受到晃动，新城道：啊—，到底发生什么了。
崛井道：那个大黑影是什么东西，总部，总部。
指挥室宗方呼唤道：海豚202号快回答，崛井，新城。
居间惠道：海底到底出了什么事，宗方摇了摇头。
野瑞道：佐加朝首都中心攻来了，朝首都飞来的佐加一路破坏了城市。
广播道：所有运输系统已经停止了，迅速到地下避难，迅速到地下避难，众人都在大喊着奔跑着逃难。
高楼被破坏众人慌乱的跑到地下，混乱中一个小孩站在原地看着被破坏的高楼道：迪迦奥特曼一定会收拾它的。
指挥室居间惠道：不仅仅是日本，世界其他地方吗？
野瑞通过计算机调动了各国情况，所有地方都如同日本一样黑雾遮日，一片火光佐加于天空中破坏，泽井总监道：怎么回事。
野瑞道：TPC美国支部的布鲁特队全军覆没了，一阵声音响起野瑞震惊到：天啊。
宗方问道：怎么了。
这不可能的，野瑞道。
居间惠问道：出了什么事。
野瑞道：有东西侵入我们基地了。
泽井总监道：你说什么。
基地外面白雪号丽娜道：大古你看基地。
大古道：“”黑雾。”
两个人回到总部。指挥室吉刚局长道：你说什么闯进来了，马上通知警卫局来处理。
野瑞道：可是没什么东西被破坏，安全防御系统也没有启动而且也没有质量的反应，不可能，实在太奇怪了。
林诺：“野瑞冷静一点。”
野瑞道：基地的地下有东西往上冲上来了。
大古走进来道：基地已经被黑雾封起来了。
泽井总监道：你说什么。
吉刚局长道：发生了什么事。
与此同时所有机器和电量都关闭，野瑞道：“不可能的，我不相信。”
宗方道：“野瑞千万不要慌。”
野瑞道：我现在切换到辅助系统，然后跑到后面的控制按钮一顿操作，指挥室内的电量恢复。
八尾博士道：F4机库出问题了，机库内警务局的人拿枪对黑雾进行攻击可惜没有丝毫作用，机库的职员在亚特迪斯号里边避难，把亚特迪斯号吊上飞行轨道。
丽娜道：明白，把F4机库的操作系统输到这边来。
野瑞道：好，然后到电脑前进行操作。
丽娜道：把亚特迪斯号吊到2号轨道。
居间惠道：联络下层部的警卫班。
野瑞道：这里是指挥室，第3区域请回答，第3区域！
宗方道：我自己过去，大古，林诺。
“明白。”三人一起离开了指挥室。”
至于正木敬吾，他现在虽然有了变成光的力量，但是现在还没到那个时候。
等三人赶到时，下层部第3区域的警卫班只剩下一人快要被吞噬，宗方控制按钮在门快要降下来时一个滑铲逃脱，宗方想要用门封住黑雾，但几人惊讶的发现黑雾竟慢慢渗出，宗方道：看来用物理的力量是没有办法阻挡它的，队长照这样下去的话我们的基地，几人暂时离开这。
吉刚局长道：难道要我们丢下这个基地逃命，绝对不行。
居间惠道：“现在不是说这个的时候，总监请您下令。”
泽井总监道：“人命第一，让所有职员到亚特迪斯号去避难，这是命令。”
野瑞道：“是。”
吉刚局长道：“警卫局留下来，我绝不会把基地让出去的。”
林诺道：“难道还不明白吗，这种怪异的天气。你就算让他们是留下来，也只能白白送死。黑雾只是个开始，这次的危机………可没有这么简单。”
基地成员转移到亚特迪斯号，外面一副世界末日的景像。人
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