当柯南用毛利大叔的身份破了那个金融公司社长杀人事件的第二天，拿着雨伞走在路上的园子跟小兰说起怪盗1412号。她的意思是让小兰请她父亲毛利小五郎帮忙抓住怪盗基德，因为怪盗基德正好去了铃木家，目标是铃木家的传家之宝黑暗星辰珍珠。
他是国际知名的怪盗，专偷各种珠宝以及珍贵的艺术品。园子知道了这件事，由于她跟小兰关系比较好，所以想请毛利大叔帮忙。园子跟小兰正准备过道的时候，小兰发现一个很像工藤新一的人，但是她看到的那个新一却根本没有跟她打招呼，这让小兰很难过。
晚上小兰跟自己父亲和柯南说了这件事，柯南表示不可能，而毛利大叔说新一可能是受够小兰了。然后小兰跟自己父亲说起了怪盗1412号的事。
他留下了一封奇怪的预告信：“四月一日愚人节，当月亮将两人分开时，我将风闻暗夜星辰的大名，随着波浪的邀请前去收领它。”署名怪盗。这引起了本来要回房间睡觉的柯南的兴趣，他要去会会那个所谓的怪盗1412号。
通过对怪盗基德留下了的暗号的解析，柯南知道了在晚上十二点到四月一日愚人节早上四点这段时间，怪盗基德会在杯户饭店楼顶出现，他解开暗号以后就去那里等着怪盗基德了。他给阿笠博士打电话问关于怪盗基德的资料的时候，怪盗基德就出现在他的身后。
怪盗基德展示了自己不需要任何工具可以随意变声的技巧，而且他直接把中森警官他们叫到杯户饭店楼顶。“我根本就没想过现在拿那颗珍珠，这次只是个演习而已，四月一号愚人节，肯定是假的啊。”下一刻，他用自己的滑翔翼和一颗闪光弹，就这样在所有警察以及四架直升机面前消失了。
地面上只剩下一张预告信：“四月十九日从横滨港出发的莎莉贝斯号上，那颗货真价实的黑暗星辰珍珠，我要定了。”怪盗基德。
在怪盗基德混入人群里之后，他正准备离开的时候，却被人拍了一下肩膀叫住。
这个人自然是赤井明晖了，由于跟盗一学过伪装和变声，所以他跟快斗本来就认识。虽然现在明晖已经戴着自己的面具了，但是快斗还是认出了他，因为明晖对他说了一句：“我知道你在调查师傅的事。”随即他带着明晖去了自己的家里。他的管家寺井黄之助看到快斗带了客人回来，也是很热情的招待了明晖，当然快斗是跟他说过了明晖的身份。
“你这些年过得怎么样？”嗯
“自从当年父亲失踪，八年过去了，我从未忘记。”
“不要太着急，你一定会成功找出师傅失踪的真相。”
“那你呢？最近在忙什么？”
“我………遇到一点麻烦，我小时候去留学的时候遇到一个女孩儿，她现在进入了一个组织，而那个组织研究的一种药物可以让人身体变小。我在想怎么把那个女孩儿救出组织。而且我哥也在那个组织里，那个组织里所有人都是以酒为代号，而且都是黑色衣服黑色礼帽还有黑色墨镜。”明晖把自己知道的关于组织的一切都告诉了快斗。毕竟快斗算是他为数不多的可以完全相信的人。
我再跟你说一件事：“还记得今天在你面前放烟花的小孩子吗？他就是平成年代的福尔摩斯，日本警察救世主的高中生侦探工藤新一。他也是被那个组织发明的药变小的。而且，可能过不了多久，就轮到我了。”明晖说的很平静，其实他早就知道只有这一个办法了。跟快斗说的话，明晖觉得或许他会有一线生机。
然后他留下了快斗的电话号码就回自己家里了，其实对于组织里所谓的安全屋，他知道自己在那里已经待不了多久了，必须早做准备。但是这件事情具体怎么行动还是需要到时候跟秀一商量一下再说。
另一方面黑暗星辰的事明晖就不想多管了，反正快斗做事有自己的分寸。他自己现在需要想办法让贝姐放弃针对志保才行，还有一定要保下明美。如果实在不行的话，不管是谁，敢动志保都只有死路一条。哪怕贝姐是自己的师姐。
另一方面在莎莉贝斯号上，怪盗基德和柯南正在对峙着。
“大侦探，我可以放弃这颗珍珠，不过你的真实身份倒是让我很意外呢！高中生侦探，工藤新一。”
听到怪盗基德说这句话的柯南瞬间慌了，但是只听快斗又说：“放心，我不是那个组织的人，至于我怎么知道你的身份这件事，我有我自己的办法，怎么样？现在还要把我送进监狱吗？难道你不怕身份暴露？”怪盗基德脸上露出一抹微笑看着对面的柯南。
“你会吗？如果我没猜错的话，我的身份应该是一个人告诉你的，而这个人应该也跟组织或者组织里的人有什么关系才对。”柯南眼镜反光，缓缓开口。虽然他猜到了，但是那个人是谁他现在还不知道。
最终怪盗基德还是走了，也不知道他们之间达成了什么协议，或者是因为其他的一些东西。反正这一切的罪魁祸首赤井明晖对这些一无所知。
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